교수진: 대학 본부에 문의해 본 결과, 자전 학생들은 처음에는 평균 등록금이 책정되고, 전공 진입을 한 이후에는 선택 전공들 중에서 높은 등록금을 기준으로 등록금이 책정되며, 초과 학기에도 같은 규정이 적용된다고 합니다. 예를 들어, 어떤 학생이 A 전공과 B 전공을 선택했고 A 전공의 등록금이 더 높은 경우, 이 학생은 졸업할 때까지 A 전공을 기준으로 등록금이 책정되는 것입니다. (A 전공 이수 요건을 이미 충족하고 B 전공 이수 요건 때문에 초과 학기를 하는 경우에도 A 전공 기준의 등록금이 책정됩니다. 이것이 부당하게 여겨질 수는 있겠습니다.)
참고로, 현재 대학 본부에서 수업 운영 예산 배분 기준을 "입학정원"에서 "실수강생"으로 바꾸는 작업을 진행하고 있습니다. 큰 틀에서 보면 이 작업은 자유전공학부 학생들을 포함하여 서울대 전체의 복수전공, 연계전공, 부전공 이수자들의 등록금 조정과 자연스럽게 연결될 것이라 생각합니다. 다만 고려해야 할 변수가 많아 새로운 정책이 수립되고 실행될 때까지 다소 긴 시간이 소요될 수 있습니다.